Hatshepsut qua đời, ở thời điểm chúng ta sẽ gọi là tuổi trung niên xét theo tuổi thọ đặc trưng hiện tại, trong năm cầm quyền thứ hai mươi hai của mình.[33] Ngày mất chính xác của Hatshepsut—và thời gian khi Thutmose III trở thành pharaon ủa Ai Cập—được coi là Năm 22, II Peret ngày 10 của thời kỳ cùng cai trị của họ, như được ghi lại trên một tấm bia duy nhất được dựng tại Armant[34] hay ngày 16 tháng 1 năm 1458 trước Công Nguyên.[35] Thông tin này xác nhận sự đáng tin cậy cơ bản của những ghi chép về danh sách các vị vua của Manetho bởi ngày lên ngôi của Thutmose III và Hatshepsut được biết là I Shemu ngày 4.[36] (ví dụ: Hatshepsut mất 9 tháng ở năm cầm quyền thứ 22 của mình như Manetho viết trong Bản tóm tắt của ông với thời gian cai trị 21 năm và 9 tháng) Không lời đề cập nào về nguyên nhân cái chết còn lại. Nếu việc xác định xác ướp của bà gần đây (xem bên dưới) là chính xác, tuy nhiên, việc chụp X quang máy tính sẽ cho thấy rằng bà chết vì bị nhiễm trùng máu ở độ tuổi năm mươi.[37][38] Nó cũng cho thấy rằng bà mắc chứng viêm khớp, hàm răng kém, và có thể cả tiểu đường.

Chôn cất

Hatshepsut đã bắt đầu xây dựng một hầm mộ khi bà là Đại Phu nhân Hoàng gia của Thutmose II, nhưng tầm vóc của nó không xứng đáng với một pharaon, vì thế khi lên ngôi, việc chuẩn bị một nơi chôn cất khác đã được đặt ra. Hầm mộ KV20 này, ban đầu được xây dựng cho cha bà Thutmose I và có lẽ là hầm mộ hoàng gia đầu tiên trong Thung lũng của các vị vua, đã được mở rộng với một phòng chôn cất mới. Hatshepsut cũng sửa chữa lại nơi chôn cất của cha bà và chuẩn bị một phòng cho cả Thutmose I và cả bà trong KV20. Vì thế dường như khi bà chết (không muộn hơn hai mươi hai năm cầm quyền của bà), bà được chôn cất trong hầm mộ này cùng cha.[39] Tuy nhiên, trong thời gian cầm quyền của Thutmose III, một hầm mộ mới (KV38) cùng với đồ chôn cất mới đã được cung cấp cho Thutmose I, vì thế ông bị đưa khỏi hầm mộ cũ và chôn lại ở nơi khác. Cùng lúc ấy, xác ướp của Hatshepsut có thể đã bị chuyển vào hầm mộ bà vú của bà, Sitre-Re, trong KV60. Có thể rằng Amenhotep II, con trai của Thutmose III với người vợ thứ hai, là người ủng hộ thực hiện những hành động đó với nỗ lực đảm bảo sự kế vị của chính ông. Bên cạnh những thứ được tái khám phá từ KV20 trong cuộc khai quật hầm mộ này của Howard Carter năm 1903, các đồ tuỳ táng khác thuộc Hatshepsut đã được tìm thấy ở những nơi khác, gồm một "ngai vàng" hình sư tử cái (gọi là giường thì chính xác hơn), một bàn chơi senet có khắc hình đầu sư tử cái, những mảnh đồ chơi bằng thạch anh đỏ có khắc danh hiệu pharaon của bà, một chiếc nhẫn dấu, và một phần bức tượng shabti nhỏ có tên bà. Trong Phòng lưu trữ Xác ướp Hoàng gia tại DB320 một cái két ngà voi đã được tìm thấy với tên Hatshepsut và nó chứa một lá gan hay lá lách đã được ướp cùng một chiếc răng. Tuy nhiên, có một phụ Nữ vương gia của Vương triều thứ Hai mươi mốt cũng có tên ấy, và chiếc két này có thể thuộc về bà.[40]

Xác định xác ướp

Trong một thời gian dài chiếc rương được tìm thấy trong DB320 được cho là tất cả những gì còn sót lại từ xác ướp của Hatshepsut. Xác ướp một phụ nữ chưa xác định—được tìm thấy cùng bà vú nuôi của Hatshepsut, Sitire-Re, một cánh tay của xác ướp đặt theo kiểu chôn cất truyền thống của pharaon—dẫn tới giả thuyết rằng xác ướp không xác định bên trong KV60 có thể là Hatshepsut.[41]

Tháng 3 năm 2006, Zahi Hawass, Tổng thư ký Hội đồng Cổ di tích Tối cao Ai Cập, tuyên bố đã định vị được xác ướp Hatshepsut, đã bị đặt lầm chỗ ở tầng ba Bảo tàng Cairo.[42] Tháng 6 năm 2007, có thống báo rằng các nhà Ai Cập học tin rằng họ đã xác định được xác ướp của Hatshepsut trong Thung lũng của các vị Vua.[43][44][45] Bằng chứng quyết định gồm việc sở hữu một chiếc răng hàm gãy một chân vừa khít với hàm của xác ướp; hàm răng trong hàm khuyết một răng và cũng chỉ có một chân. Chiếc răng hàm này được tìm thấy bên trong chiếc rương có ghi tên và vòng tước hiệu của Hatshepsut; CT scan do Hawass' tiến hành cho thấy chiếc răng này đã bị lấy khỏi miệng xác ướp; nó khớp hoàn toàn vào chân răng trống trong hàm xác ướp.[38].[46] Bằng chứng khác ủng hộ sự xác định này gồm những kết quả so sánh DNA với xác ướp của Ahmose Nefertari, cụ Hatshepsut và là nữ chúa của Vương triều thứ mười tám.[47][48] Tuy nhiên, các nhà Ai Cập học không tham gia vào dự án này vẫn chưa chấp nhận hoàn toàn các kết quả thu được cho tới khi những thử nghiệm tiếp theo được tiến hành.[4]

Các hình CT quét xác ướp được cho là của Hatshepsut cho thấy bà mất trong tuổi năm mươi vì vỡ áp xe sau khi nhổ một chiếc răng. Dù đây là nguyên nhân, có lẽ bà cũng không thể sống lâu hơn; có những dấu hiệu ở xác ướp cho thấy sự di căn ung thư xương, cũng như có thể cả ung thư gan và tiểu đường.[4]